もちろん、できます。POPFile のインタフェースは、たくさんの言語に翻訳されています。詳しくは、 FAQ:私はXXXXXという言葉をしゃべります。この言語に翻訳されたバージョンはありますか？ を参照してください。
Windows 版では、インストールの際に「Nihongo」を選択することにより、最初から日本語で操作することができます（インストールも日本語でおこなうことができます）。
クロスプラットフォーム版では、インストール後、 Configuration タブの User Interface にある Choose language: で Nihongo を選択し、Apply ボタンををクリックすることによってインタフェースが日本語に変わります。
注意: * POPFile の操作自体は、どの言語でもかわりはありませんが、日本語のメールに対応した、分かち書きなどをおこなうためには、インタフェースを Nihongo にしておく必要があります。
参照: