現在のWindows用インストーラには、Windowsの起動時に自動的にPOPFileを起動する というチェックボックスがあります。このチェックボックスはデフォルトで選択されているため、スタートアップ フォルダにショートカットを作ります（チェックボックスのチェックを外さなかった場合）。
もし、スタートアップ フォルダに Run POPFile が存在しない場合、
のいずれかの方法をとることができます。
古いバージョンのインストーラはPOPFileをバックグラウンドで起動するリンクとフォアグラウンドで起動するリンクを作ります。現在のバージョンでは、POPFileを起動するリンクはひとつしかありません（バックグラウンドとフォアグラウンドの選択は、POPFileコントロールセンターで変更することができます）。（ 設定タブの POPFileのメッセージをコンソールウィンドウに出力しますか？ をご覧ください）
Windows では、スタート→プログラム→スタートアップを開いてください。POPFile がコンピュータを起動したときに自動的に立ち上がるように設定されているならば、Run POPFile という項目が見つかるでしょう。自動的に起動しないようにするためには、それを右クリックして、そのまま（左ボタンをクリックせず）デスクトップにドラッグしてください。右ボタンを離すと、3 つのメニューが現れるでしょう:
「ここに移動」を選択してください。これで Windows が起動したときに POPFile が立ち上がることはなくなります。この時点ではまだ POPFile は動作しているということに注意してください; もし POPFile を終了したいのであれば、通常通り POPFile UI で終了させてください。
Windows を起動したときに POPFile が立ち上がるように設定を戻すためには、デスクトップにコピーしたアイコン(Run POPFile)をスタートメニューにドラッグし、そのままプログラムメニューからスタートアップフォルダへ移動して、このフォルダにドロップするだけです。
参照：
POPFile Startup や POPFileControl などを使うことにより、起動時に自動的にPOPFileを動かすことができます。
POPFile 日本語化プロジェクトで公開している Mac OS X 10.3.x (Panther) 用インストーラを使用した場合には、インストールするだけで起動時に自動的に立ち上がるようになります。
参照：