POPFileは現在のところWebメールのシステムには対応していませんが、 YahooPOPs や HotPOP3 、 Hotmail Popper 、 MrPostman（YahooとHotmailの両方に対応） といった外部プログラムと連携して動くことができます。
詳しくは、 ハウツーの プロキシとファイアウォールの設定 を参照してください。
YahooやMSNにPOP3でアクセスする場合の情報を探しているなら、FAQの ” POPFileはYahooやMSNメールに対応していますか？” を参照してください。