ソースネクスト社のサポートからは、ウィルスセキュリティとPOPFileの併用はできないとの回答(このページの最後を参照)が来ていますが、実際にはほとんど問題なく併用できます（Windows 98SE / Windows XP）。Windows 2000/XP では、ウィルスセキュリティと POPFile の共存はできないという問題がありましたが、バージョン 0.22.3 以降（0.22.4 の使用を推奨）においてこの問題は解決されています。
メールクライアントもPOPFileも、ウィルスセキュリティ用には特に設定を変える必要はありません。 メールクライアントの設定をPOPFileに合わせるだけですみます。
ウィルスセキュリティが動いている状態でPOPFileを起動すると、ダイアログが表示され 以下のメッセージが表示されます。
ここで、「このプログラムなら次回より表示しない」にチェックを入れ「許可」ボタンを押せば、ウィルスセキュリティの 設定は完了です。<br> 設定を確認したい場合は、「ウィルスセキュリティの設定」を開き、左側の「不正侵入を防ぐ」 を選び、「アプリケーション」タブを開いてください。<br> ここにPOPFileがあって「アクセスを完全に許可」になっていればOKです。<br> なお、このままではPOPFileが外部と通信をするたびに注意をうながすメッセージが表示されるので、「アプリケーション」タブで POPFileを選択し「変更」を押し、「インターネットを使うたびに表示する」のチェックをはずしておくといいでしょう。
ウィルスセキュリティはメールクライアントとメールサーバーの通信をポート110を監視することでチェックしているようです。 このため、1通のメールに対し、メールクライアントとPOPFile、POPFileとメールサーバーの2回のチェックがかかると思われます。<br> もし、メール取得中にたまにPOPFileがハングすることがあるならば、以下のようにポート設定を変更し、ウィルスセキュリティのチェックが重複しないようにしてください。
AlMail32の場合、ツール→オプション→アカウントの「高度な設定」を押す。 「高度な設定」のPOP3ポート番号を 123 に変更。
POPFile UI の「設定」タブを開き、POP3ポート番号を123に変更し「適用」を押す。
参照: