POPFile には、インターネットにアクセスできるパーミッションを与えておくことが必要です。Windows 版では popfileXX.exe (0.22.0 以前の場合は perl.exe および wperl.exe)、Windows 以外のオペレーティングシステム上であれば Perl パーサーにパーミッションを与えておく必要があることに注意してください。
ZoneAlarm では、各質問に単に「Yes」と答え、「Always allow…」ボックスをチェックしておけばよいでしょう。
他のマシンの誰かと POPFile を共有しない限りは、POPFile にはサーバーとしてのインターネットへのアクセスを与える必要はありません。
POPFile が必要とするポートに対して接続が許されている限り、POPFile とファイアーウォールとを一緒に使っていて起こる既知の問題は今のところありません。