ホームユーザにとっては現在のPOPFileの仕様は十分安全と言えますが、いくつか注意すべきことがあります。現在、POPFileは最近２日間に受信したメールの履歴を暗号化せずに保存しています。このことによって、POPFileのディレクトリにあるファイルにアクセスできる人があれば、その人にメールの内容を読まれてしまう可能性があります。 しかし、POPFileのディレクトリにアクセスできるのであれば、同じようにメールクライアントのフォルダにもアクセスできる可能性があるため、あまりこの状態を気にする必要はありません（言い換えれば、そのようなシステムはPOPFileがインストールされていてもいなくても危険は大きいということです）。 他に、POPFileに外部から接続されるという可能性もありますが、この設定はデフォルトでは無効になっています。 サーバ上のマルチユーザシステムで共有して利用する機能がPOPFileに追加されたときには、他のセキュリティ上の案件が増加し、それらについて取り組むことになるでしょう。

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