POPFileはウィルス対策ソフトやファイアウォールと同時に使用することができますか？

できます。POPFileは多くのウィルス対策ソフトと同じようにプロキシとして動作します。ウィルス対策ソフトとPOPFileをつなぐことによって、一緒に動かすことができます。ファイアウォールを使用している場合はPOPFileがサーバとして動作できるように許可する必要があります。